Cũng giống như nhiều văn bản khác vào thời kỳ này, tác phẩm bao gồm các yếu tố văn hóa dân gian và thơ ca và không hẳn là sự thực như các sử gia mong muốn. Tác phẩm có những mốc thời gian mâu thuẫn. Mông Cổ bí sử ngoài việc là một tư liệu lịch sử quan trọng, còn là một trong các tư liệu thành văn đầu tiên của thơ ca Mông Cổ.

Tác phẩm bắt đầu với một bảng phả hệ về gia đình của Thiết Mộc Chân. Tác phẩm mô tả về cuộc sống của Thiết Mộc Chân bắt đầu từ khi cha Dã Tốc Cai bắt cóc mẹ Ha Ngạch Lôn, sau đó là cuộc sống những năm đầu đời của Thiết Mộc Chân. Quãng thời gian khó khăn sau cái chết của cha và nhiều cuộc xung đột chống lại ông, các cuộc chiến tranh, và âm mưu trước khi ông có tước hiệu Thành Cát Tư Hãn vào năm 1206. Các phần sau đó của tác phẩm nói về các cuộc chinh phục của Thành Cát Tư Hãn và Oa Khoát Đài trên khắp lục địa Á-Âu, và phần kết là các nhận xét của Oa Khoát Đài về những gì ông ta đã làm.

Tác phẩm bao gồm 12 quyển:

1. Tổ tiên và thời trẻ của Thiết Mộc Chân.
2. Những năm tuổi trẻ của Thiết Mộc Chân.
3. Thiết Mộc Chân đánh bại Miệt Nhi Khất (Merkit) lấy tước hiệu Thành Cát Tư Hãn.
4. Thành Cát Tư Hãn chiến đấu chống lại Trát Mộc Hợp và Thái Xích Ô.
5. Thành Cát Tư Hãn đánh bại Thát Đát và lâm vào tình trạng rối ren với Vương Hãn.
6. Tiêu diệt Khắc Liệt.
7. Nghiệp chướng của Vương Hãn.
8. Sự trốn thoát của Khuất Xuất Luật và đánh bại Trát Mộc Hợp.
9. Thành lập đế quốc và vệ quân.
10. Chinh phục Úy Ngột Nhi và các dân tộc rừng núi.
11. Đánh cướp nhà Kim, Tây Hạ, Sartuul, Baghdad và Nga
12. Cái chết của Thành Cát Tư Hãn và sự trị vì của Oa Khoát Đài.